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L'apparition d'une épidémie de coronavirus en Chine continentale dans la province du Guangdong a amené les scientifiques à s'interroger sur les origines de la maladie, et à rechercher les animaux susceptibles de l'avoir transmise à l'homme. 🤔
La maladie qui est à l'origine d'une alerte mondiale a été signalée pour la première fois fin décembre 2019 à Wuhan, une grande ville de Chine centrale, et s'est rapidement propagée 🗺️. Depuis lors, les voyageurs malades de Wuhan ont infecté des personnes en Chine et dans d'autres pays, y compris aux États-Unis et en France.
Selon une nouvelle étude parue dans le Journal of Medical Virology, les serpents (le krait et le cobra chinois) pourraient être le vecteur du coronavirus, qui a déclenché l'apparition endémique de cette maladie respiratoire infectieuse mortelle en Chine. Toutefois, certains chercheurs restent sceptiques quant à cette affirmation.
Le serpent 🐍 est-il à l'origine du Coronavirus de 2019 ? Info ou intox, rendez-vous à la fin de cet article pour le découvrir !
1) Qu'est-ce qu'un Coronavirus ?
Avant d'entrer dans le vif du sujet, il nous paraît pertinent de faire un rapide rappel sur ce virus.
A) Un virus déjà connu
En utilisant des échantillons du virus de Wuhan isolés sur des patients, des scientifiques en Chine ont déterminé le code génétique du virus, et ont utilisé des microscopes pour le photographier 🔬. L'agent pathogène responsable de cette épidémie est un nouveau coronavirus. Il fait partie de la même famille de virus que le coronavirus bien connu du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV) et le coronavirus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS-CoV), qui ont tué des centaines de personnes au cours des 17 dernières années. L'Organisation mondiale de la santé (OMS) a nommé le nouveau coronavirus 2019-nCoV.
Le nom de coronavirus vient de sa forme, qui ressemble à une couronne 👑 ou à la couronne solaire lorsqu'elle est imagée à l'aide d'un microscope électronique. L'image au microscope électronique, révèle les détails structurels de la forme de la couronne pour laquelle le coronavirus a été nommé.
B) Une maladie dangereuse sans réel remède
Le coronavirus et très contagieux et se transmet par l'air. Il infecte principalement les voies respiratoires supérieures et le système gastro-intestinal des mammifères et des oiseaux. La transmission interhumaine de ce virus est facilitée par l'apparition de quintes de toux propulsant de la salive, et de gouttelettes de sueur 😷.
Bien que la plupart des membres de la famille des coronavirus ne provoquent que de légers symptômes de type grippal pendant l'infection, le SRAS-CoV et le MERS-CoV peuvent infecter les voies respiratoires supérieures et inférieures et provoquer de graves maladies respiratoires et d'autres complications chez l'homme.
Ce nouveau 2019-nCoV provoque des symptômes similaires à ceux du SRAS-CoV et du MERS-CoV. Les personnes infectées par ces coronavirus souffrent d'une grave réaction inflammatoire et de fièvre aiguë 🤒 une fois la période d'incubation terminée.
Malheureusement, il n'existe pas de vaccin ou et aucun traitement antiviral n'est approuvé pour l'infection par les coronavirus. Une meilleure compréhension du cycle de vie du 2019-nCoV, y compris de la source du virus, de son mode de transmission et de sa réplication, est nécessaire pour prévenir et traiter la maladie 💊.
2) Transmission Zoonotique
A) Transmission animal-homme du coronavirus
Le SRAS et le MERS sont tous deux classés comme des maladies virales zoonotiques, ce qui signifie que les premiers patients qui ont été infectés ont acquis ces virus directement à partir d'animaux 🦇. Cela a été possible parce que, chez l'animal-hôte, le virus a acquis une série de mutations génétiques qui lui ont permis d'infecter et de se multiplier chez l'homme.
Aujourd'hui, ces virus peuvent être transmis d'une personne à l'autre, facilitant de facto la contamination entre humains via contact des fluides principalement. Des études de terrain ont révélé que la source originelle du SRAS-CoV et du MERS-CoV est la chauve-souris, et que les civettes de palmier masquées (un mammifère originaire d'Asie et d'Afrique 🌍) et les chameaux ou dromadaires (espèces de camélidés), respectivement, servaient d'hôtes intermédiaires entre les chauves-souris et les humains.
B) Le marché de Wuhan à l'origine de l'épidémie chinoise
Dans le cas de cette épidémie de coronavirus de 2019, les rapports indiquent que le premier cas et la plupart du premier groupe de patients hospitalisés étaient des travailleurs ou des clients d'un marché local de fruits de mer qui vendait également des viandes transformées et des animaux vivants consommables 🤢, notamment des volailles, des ânes, des moutons, des porcs, des chameaux, des renards, des blaireaux, des rats de bambou, des hérissons et des reptiles. Toutefois, comme personne n'a jamais signalé avoir trouvé un coronavirus infectant des animaux aquatiques, il est très plausible que ce coronavirus ait pu provenir des animaux terrestres vendus sur ce marché.
L'hypothèse selon laquelle le 2019-nCoV provient d'un animal vendu sur le marché de Wuhan est fortement soutenue par une nouvelle publication dans le Journal of Medical Virology. Les scientifiques s'attelant en ce moment même à analyser et comparer les séquences génétiques du 2019-nCoV et de tous les autres coronavirus connus 🔎.
Savoir quels animaux sont porteurs du virus derrière l'apparition de la nouvelle maladie, est primordial pour aider les gens à se protéger contre l'exposition.
C) Les deux sources du Coronavirus les plus probables : chauve-souris et serpents
L'étude du code génétique du 2019-nCoV révèle que le nouveau virus est le plus étroitement lié à deux échantillons de coronavirus de chauve-souris de type SRAS provenant de Chine, ce qui suggère initialement que, comme le SRAS et le MERS, la chauve-souris pourrait également être à l'origine du 2019-nCoV. Les auteurs 👨🔬 ont également découvert que la séquence de codage de l'ARN viral de la protéine 2019-nCoV spike, qui forme la "couronne" de la particule virale qui reconnaît le récepteur sur une cellule hôte, indique que le virus de la chauve-souris pourrait avoir muté avant d'infecter des personnes.
Mais lorsque les chercheurs ont effectué une analyse bioinformatique plus détaillée de la séquence du 2019-nCoV, cela suggère que ce coronavirus pourrait provenir de serpents.
3) Le Serpent à l'origine du Coronavirus Chinois ?
A) Le serpent serait l'hôte intermédiaire pour le 2019-nCoV
A l'origine le SRAS (syndrome respiratoire aigu sévère) et le MERS (syndrome respiratoire du Moyen-Orient) sont tous deux apparus chez la chauve-souris. Puis ils se sont déplacés vers un autre animal, appelé "hôte intermédiaire", avant de se propager à l'homme 💨. Dans le cas du SRAS, ces animaux étaient des civettes, tandis que les hôtes intermédiaires pour le MERS, sont des chameaux.
Pour le nouveau coronavirus de 2019 (actuellement appelé 2019-nCoV) les scientifiques ne savent pas encore comment les humains ont contracté la maladie. Mais une nouvelle étude publiée le 22 janvier suggère que les serpents pourraient jouer le rôle d'hôte intermédiaire.
B) A l'origine de cette croyance : un article publié dans le Journal of Medical Virology
Un groupe de travail national composé de chercheurs chinois travaillant rapidement pour isoler et séquencer le virus afin d'y trouver un remède le plus vite possible 🧫, a partagé une ébauche de son génome dans une base de données publique au début de ce mois.
Cela a permis aux laboratoires du monde entier de concevoir des tests de diagnostic pour repérer les cas qui se propagent en dehors de la Chine. À ce jour, moins d'une douzaine de cas ont été confirmés dans d'autres pays, dont le Japon, la Corée, Singapour, Hong Kong, la Thaïlande, le Vietnam et les États-Unis.
La publication de données génétiques a également suscité une vague de nouveaux résultats de recherche ces derniers jours, dont un article publié par une équipe de chercheurs chinois dans le Journal of Medical Virology qui prétend avoir utilisé la séquence virale pour trouver la source la plus probable de l'épidémie émergente. Leur théorie : les serpents 🐍.
C) L'analyse de l'équipe de microbiologistes chinois dirigée par Wei Ji
Wei Ji, un microbiologiste du Centre des sciences de la santé de l'Université de Pékin 👨🏻🔬, et ses collègues ont analysé les codons utilisés par le 2019-nCoV. Les codons, qui sont des trios d'ADN ou d'ARN qui dictent les acides aminés dans une protéine, ont tendance à être similaires entre un virus et l'animal qu'il infecte. L'équipe a comparé les codons du 2019-nCoV avec ceux de "réservoirs animaux" potentiels, notamment les humains, les poulets, les chauves-souris, les hérissons, les pangolins et deux espèces de serpents (Krait et Cobra Chinois).
Ils ont rapporté avoir trouvé le plus grand chevauchement de biais de codons entre le 2019-nCoV et ces deux sortes de serpents : le cobra chinois et le krait à bandes multiples. Pris ensemble, ces résultats "suggèrent pour la première fois que le serpent est le réservoir le plus probable d'animaux sauvages pour le 2019-nCoV", ont écrit les auteurs. "Les nouvelles informations obtenues grâce à notre analyse évolutive sont très importantes pour un contrôle efficace de l'épidémie causée par la pneumonie induite par le nCoV 2019". Wei et son équipe suggèrent ainsi qu'un virus provenant du krait à bandes multiples ou du cobra chinois pourrait s'être combiné à un virus de chauve-souris et avoir déclenché la nouvelle épidémie 🤔.
Le krait à bandes multiples (Bungarus multicinctus), également connu sous le nom de krait taïwanais ou de krait chinois, est tout comme le cobra chinois (Naja atra) une espèce de serpent élaphe très venimeux ⚠️ que l'on trouve dans une grande partie de la Chine centrale et méridionale et de l'Asie du Sud-Est.
4) Coronavirus : chauves-souris ou serpents ?
A) Pourquoi hésiter entre ces deux vecteurs ?
Les chercheurs ont utilisé une analyse des codes protéiques 🧬 favorisés par le nouveau coronavirus et l'ont comparé aux même codes des coronavirus trouvés chez différents hôtes animaux, comme les oiseaux, les serpents, les marmottes, les hérissons, les manis, les chauves-souris et les humains. Étonnamment, ils ont découvert que les codes protéiques du 2019-nCoV sont très similaires à ceux présents chez les serpents.
Les serpents chassent souvent les chauves-souris dans la nature. Des rapports indiquent que des serpents ont été vendus sur le marché local des fruits de mer à Wuhan, ce qui soulève la possibilité que le 2019-nCoV ait pu être transmis de l'espèce hôte (les chauves-souris) aux serpents, puis aux humains au début de cette épidémie de coronavirus. Cependant, la manière dont le virus a pu s'adapter à la fois aux hôtes à sang froid et à sang chaud reste un mystère 🤨.
Les auteurs du rapport et d'autres chercheurs doivent vérifier l'origine du virus par des expériences en laboratoire. La recherche de la séquence 2019-nCoV chez les serpents serait la première chose à faire. Cependant, depuis l'apparition du virus, le marché de fruits de mer a été désinfecté et fermé ❌, ce qui rend difficile la recherche de l'animal source du nouveau virus.
B) Des analyses épidémiologiques pour trouver l'origine du coronavirus 2019-nCoV
Le prélèvement d'ARN viral sur les animaux vendus au marché et sur les serpents et les chauves-souris sauvages 🦇 est nécessaire pour confirmer l'origine du virus. Néanmoins, les résultats obtenus fourniront également des indications pour l'élaboration de protocoles de prévention et de traitement.
L'épidémie de 2019-nCoV est un autre rappel que l'homme doit limiter la consommation d'animaux sauvages pour prévenir les infections zoonotiques.
Les analyses préliminaires des données génétiques publiées par les autorités chinoises suggèrent que le 2019-nCoV est le plus étroitement lié à un groupe de coronavirus qui infectent généralement les chauves-souris. Mais pour diverses raisons (notamment le fait que nous sommes en hiver et que les chauves-souris hibernent 😴) de nombreux scientifiques soupçonnent qu'un autre animal a transmis le virus des chauves-souris aux humains.
5) Serpent et Coronavirus : la communauté scientifique sceptique
A) Le serpent... Une mauvaise piste ?
Il est peu probable que le virus soit passé d'un reptile à un humain ✋, déclare Edward Holmes, virologue à l'université de Sydney. "Je ne peux pas dire catégoriquement que cela ne s'est jamais produit", dit-il. "Mais les réservoirs [animaux] des virus humains sont principalement des mammifères et peut-être des oiseaux".
Les animaux sont souvent à l'origine des épidémies de maladies humaines 🤒. De nombreuses épidémies récentes et en cours sont zoonotiques, prenant naissance chez les animaux, comme l'épidémie d'Ebola en Afrique (2014-2016) et le virus Zika qui a frappé les Amériques en 2016.
Les scientifiques penchent plutôt en faveur de la chauve-souris que du serpent pour expliquer l'origine du coronavirus 👩🏼🔬. En autre car il est admis que les chauves-souris sont à l'origine du passage d'Ebola et du Zika des animaux aux humains.
B) Le nouveau virus est transmis par un mammifère
Mais "les coronavirus ont tendance à se trouver chez les mammifères et non chez les reptiles", explique David Robertson, virologue à l'université de Glasgow en Écosse. Il est donc improbable que le nouveau virus provienne de serpents, dit-il ⛔.
Robertson et Holmes affirment que les données de l'étude ne correspondent pas aux conclusions de l'équipe chinoise dirigée par Wei Ji. Les résultats génétiques semblent suggérer que le virus provient de chauves-souris, et non de serpents, affirment les deux scientifiques.
Les chercheurs doivent tester les animaux vendus sur le marché où l'épidémie a commencé, à la recherche de virus étroitement apparentés 🔎, explique M. Holmes. Trouver le virus lui-même ou des anticorps contre lui chez les animaux est l'étalon-or pour les virologistes afin de déterminer d'où vient le virus à l'origine d'une épidémie.
Et la détermination de la source du virus est une étape vers la protection des personnes contre les contacts avec d'autres animaux infectés.
"Les coronavirus se trouvent sans aucun doute chez les chauves-souris, et il y a très probablement un hôte intermédiaire mammifère [pour le nouveau virus], mais nous ne l'avons pas encore découvert", explique M. Robertson. "Les gens ne devraient donc pas commencer à tuer des serpents, ce serait une chose terrible." 😕
6) Le Serpent à l'origine du Coronavirus : Info ou intox ?
A) La rapidité de partage des informations scientifiques en cause
Le partage des données pendant une épidémie est vital pour la santé publique et la rapidité des recherches 🖥️. Mais il peut également conduire à des recherches sensationnelles, voire fallacieuses, comme un nouvel article controversé affirmant que les gens ont probablement attrapé un nouveau coronavirus à partir de serpents.
L'un des nombreux mystères qui se cachent derrière l'apparition et la transmission du virus en cause de plus de 40 décès, est de savoir d'où il provient exactement. La plupart des patients ont un lien avec le marché de Wuhan. Un endroit humide où les gens vendent des animaux vivants et morts 💀, y compris des espèces exotiques, sur des étals bien ajustés. Les interprétations et conclusions hâtives concernant des cas suspects vont donc bon train.
B) Le mythe de la "grippe serpent" démenti
Bien que rien n'ait été confirmé, les épidémiologistes soupçonnent que le nouveau coronavirus ait été transmissible à l'homme à cause d'un animal présent dans le marché, qui est fermé depuis le 1er janvier. La recherche du bon coupable viral est primordiale pour éviter de futures contaminations inter-espèces 😯. En 2003, lorsque le SRAS a fait son apparition dans la même région de Chine, l'épidémie n'a été totalement contenue que lorsque les civettes, qui avaient transmis le virus aux humains, ont été retirées des marchés de la région.
Après avoir été amplifié par un communiqué de presse et un éditorial largement syndiqué rédigé par trois rédacteurs en chef du journal, les histoires sur la "grippe serpent" en Chine ont commencé à se répandre dans les médias sociaux, parallèlement aux rapports officiels sur les nouveaux cas confirmés. Mais la plupart des chercheurs pensent que ce n'est probablement pas vrai. ❌
7) Non, le Serpent n'est pas à l'origine du Coronavirus de 2019
A) Une étude "bâclée", un article trop précipité
Le fait que les serpents soient à l'origine de l'épidémie de coronavirus "c'est de la foutaise". C'est ce que déclare Edward Holmes, zoologiste à l'Institut des maladies infectieuses et de la biosécurité de l'Université de Sydney et spécialisé dans les nouveaux virus à ARN 🧬, une classe qui comprend des coronavirus comme le 2019-nCoV.
M. Holmes, qui occupe également des postes au CDC chinois et à l'université Fudan de Shanghai, fait partie des nombreux scientifiques qui signalent dans les forums de virologie, les Slacks scientifiques et sur Twitter ce qu'ils considèrent comme des failles majeures du journal 📰, et qui demandent au journal de se rétracter. "C'est formidable que les données sur les séquences virales soient partagées ouvertement et en temps réel", a déclaré M. Holmes. "L'inconvénient, c'est que les gens utilisent alors ces données pour tirer des conclusions qu'ils ne devraient pas. Le résultat est juste une distraction vraiment inutile qui sent l'opportunisme".
Mais selon M. Holmes, l'approche de Wei pose un certain nombre de problèmes. Tout d'abord, la comparaison des biais des codons est un moyen très indirect d'identifier un hôte animal. D'autre part, elle fonctionne mieux lorsque l'on observe des espèces provenant d'angles très différents de la hiérarchie taxonomique 🤨. Les virus des plantes et des mammifères ont des modèles de codons vraiment distincts.
Il en va de même pour les virus des insectes et des oiseaux 🐔. Mais au sein de groupes plus étroitement liés, il est beaucoup plus difficile de dégager des modèles significatifs, surtout lorsque les auteurs n'ont échantillonné que quelques espèces. "Il pourrait facilement y avoir d'autres espèces plus semblables que les serpents, mais nous ne le savons pas parce qu'elles n'ont tout simplement pas été prises en compte dans l'analyse", explique M. Holmes.
B) La piste du serpent écartée des recherches
Holmes et d'autres sont également sceptiques quant à la possibilité que les serpents soient l'hôte intermédiaire, car il n'existe aucun cas documenté de reptiles hébergeant des coronavirus pouvant se transmettre à l'homme. Leur biologie à sang froid est tout simplement trop différente 🙅♂️. Le 2019-nCoV, et son plus proche parent, le SRAS, appartiennent à un sous-groupe connu sous le nom de bêta-coronavirus, qui ne sont connus pour infecter que les mammifères.
"Je ne dis pas que ça ne peut pas arriver. Cela pourrait. La nature fait des choses bizarres", explique Nathan Grubaugh, épidémiologiste à l'école de santé publique de Yale, dont le laboratoire est spécialisé dans l'utilisation des données génomiques pour suivre les maladies émergentes. Mais Grubaugh soutient qu'il n'y a pas de preuve que ce soit le cas 👎. "Il y a autant de raisons pour que les serpents soient les hôtes intermédiaires que moi de dire sur un coup de tête que ce sont les oiseaux", dit-il.
8) En Conclusion
Les rédacteurs du Journal of Medical Virology ont déclaré qu'ils maintenaient la publication, qui, selon eux, a été soumise à un processus formel d'examen par les pairs qui a permis de constater que les méthodes des auteurs étaient solides. Ce processus a été accéléré ⌚ : les examinateurs ont eu 24 heures pour faire des commentaires et les auteurs ont eu trois jours pour répondre.
Mais étant donné le besoin d'informations sur la santé publique ⚕️, ils estiment que l'accélération était appropriée. "Avec cette situation grave, avec des gens qui meurent, il serait criminel de retarder la publication de cet article", déclare Shou-Jian Gao, rédacteur en chef de la revue. "Cela ne vise qu'à ouvrir le dialogue scientifique". Il a invité tous les chercheurs ayant des évaluations divergentes à les soumettre au journal sous forme de commentaires écrits.
Une chose sur laquelle tout le monde est d'accord, c'est qu'il n'y a qu'une seule façon d'établir de façon concluante, définitive et indéniable quel animal a servi de pont vers les humains : et c'est de recueillir le sang 🩸 de chaque créature ailée, palmée et écaillée qui se trouvait sur le marché humide et de l'analyser pour détecter le virus.
La découverte d'anticorps serait un bon indice 🔍, mais le virus vivant serait encore meilleur. Ces enquêtes sont actuellement en cours, selon les responsables de l'OMS (organisation mondiale de la santé) et des autorités sanitaires qui se sont exprimés lors d'une conférence de presse. Tant qu'ils n'auront pas trouvé quelque chose, les suppositions ne resteront que des suppositions.
